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經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
尋找結(jié)腸癌細(xì)胞中可能的miRNA-mRNA聯(lián)系
研究背景
miRNAs是一類短的非編碼RNA能夠在多種生物過程中介導(dǎo)基因的表達(dá)，包括癌變。本研究通過Ago1和Ago2免疫共沉淀實(shí)驗研究34、45、103 miRNAs與164、391、81 mRNAs的關(guān)系。我們使用RIP-Seq分析,共沉淀得到的RNA進(jìn)行sRNA與mRNA大規(guī)模測序。分析發(fā)現(xiàn)，盡管Ago1和Ago2兩者共享一些miRNAs，但對mRNAs的調(diào)控可能是不同的。
研究方法
研究結(jié)果
1 RIP-Seq分析可能的miRNA-mRNA關(guān)聯(lián)。A：RIP-Seq分析流程；B：miRNAs qPCR驗證；C：mRNAs qPCR驗證；D：miRNAs 富集倍數(shù)分布；E：mRNAs 富集倍數(shù)分布；F：miRNAs 總體表達(dá)量相關(guān)性；G：mRNAs 總體表達(dá)量相關(guān)性。
2 Ago富集得到的miRNAs與mRNA以及兩者可能的聯(lián)系。A，B miRNA、mRNA鑒定所占比例；C，D：重疊部分；E，F(xiàn)：PhastCons分析進(jìn)化保守位點(diǎn)。
研究結(jié)論
Ago1 IP分析發(fā)現(xiàn)，基因頻繁的發(fā)揮功能，并且受到少量的miRNAs的調(diào)控，并且可能是一些更為保守的調(diào)控。而Ago1 IP的結(jié)果更多的是與信號轉(zhuǎn)到基因相關(guān)，并存在大量的miRNAs結(jié)合位點(diǎn)。
參考文獻(xiàn)
Screening for possible miRNA–mRNA associations in a colon cancer cell line. [Gene, 2014]
