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相關(guān)文獻
lncRNA測序
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
數(shù)據(jù)分析
1、測序堿基錯誤率評估
測序錯誤率決定堿基質(zhì)量，受測序儀本身、測序試劑、樣品等多因素影響，原始測序序列raw reads含有帶接頭的reads及低質(zhì)量的reads。為了保證信息分析準確，需對原始序列進行篩選，得到clean reads。
2、GCAT含量分布
GC含量分布檢查用于檢測有無AT、GC分離現(xiàn)象，該現(xiàn)象可能是測序或者建庫所引起。對于DGE測序來說，會導(dǎo)致reads前6-7個堿基有較大的波動，屬于正常情況。
3、序列基因組比對
統(tǒng)計比對到基因組各個染色體的reads密度，從密度分布圖中，可以更加直觀看出樣本中轉(zhuǎn)錄本在個染色體不同區(qū)域的基因的表達情況。
4、IGV可視化
采用IGV軟件對基因組上比對序列文件可視化，可直觀查看染色體、基因上具體序列細節(jié)。
5、相關(guān)性分析
樣品間基因表達水平相關(guān)性是檢驗實驗可靠性和樣本選擇是否合理的重要指標。相關(guān)系數(shù)越接近1，表明樣品之間表達模式的相似度越高
6、主成分分析
主成分分析用于評估生物重復(fù)及處理條件間的整體差異。將多個變量通過線性變換以選出較少個數(shù)重要變量，進而評估實驗設(shè)計的合理性。
7、火山圖
火山圖用于直觀展示兩組實驗中，基因表達量的上調(diào)、下調(diào)情況。
8、差異基因聚類熱圖
將表達模式相同或相近的基因進行聚類分析，進而識別未知基因的功能或已知基因的未知功能；這些同類的基因可能具有相似的功能，或是共同參與同一代謝過程或細胞通路。
9、趨勢分析
趨勢分析，將不同時間點或狀態(tài)點的基因表達值進行聚類，通過計算基因落入時間表達譜或狀態(tài)表達譜的顯著水平，識別顯著性的變化趨勢表達譜和與這些變化趨勢相關(guān)的基因。
10、差異基因GO富集
對差異基因進行GO富集，直觀的反映出在生物過程（Biological Process）、細胞組分（Cellular Component）和分子功能（Molecular Function）富集的GO term上差異基因的個數(shù)分布情況。
11、GO有向無環(huán)圖
DAG有向無環(huán)圖展現(xiàn)富集到的GO術(shù)語之間的關(guān)系。
12、差異基因PATHWAY富集
將差異基因進行PATHWAY富集，對得到通路注準差異基因信息，上調(diào)基因的KO節(jié)點標紅色，下調(diào)基因的KO節(jié)點標綠色。
13、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
在數(shù)據(jù)庫中獲得差異基因表達蛋白之間的關(guān)系，進行蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的分析。
14、基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析
基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（Gene Co-expression Network Analysis）是根據(jù)基因在不同樣本中的表達量的變化，將表達模式相似的基因進行聚類，從而得到不同的module（cluster）及其相互關(guān)系。
15、火山圖
此火山圖用于直觀展示兩組實驗中，lncRNA表達量的上調(diào)、下調(diào)情況。
16、差異lncRNA聚類熱圖
將表達模式相同或相近的lncRNA進行聚類分析，進而識別未知lncRNA的功能或已知lncRNA的未知功能；這些同類的lncRNA可能具有相似的功能，或是共同參與同一代謝過程或細胞通路。
17、趨勢分析
趨勢分析，將不同時間點或狀態(tài)點的lncRNA表達值進行聚類，通過計算lncRNA落入時間表達譜或狀態(tài)表達譜的顯著水平，識別顯著性的變化趨勢表達譜和與這些變化趨勢相關(guān)的lncRNA。
18、novel lncRNA鑒定
多種算法鑒定得到的lncRNA數(shù)量Venn圖。
19、序列保守性分析
對lncRNA的序列進行保守性分析。
20、位點保守性分析
對lncRNA的序列中的位點進行保守性分析。
21、SNP、InDel分析
SNP是基因組上由單個核苷酸變異形成的遺傳標記，InDel是樣本中發(fā)生的小片段的插入缺失，此圖展示的是SNP與InDel在基因組上分布密度。
22、可變剪切分析
mRNA前體經(jīng)不同的剪接方式或選擇不同的剪接位點將產(chǎn)生多種mRNA剪切異構(gòu)體，可變剪切是調(diào)節(jié)基因表達和蛋白質(zhì)多樣性的重要機制。
23、融合基因分析
mRNA在轉(zhuǎn)錄后會發(fā)生基因融合現(xiàn)象，產(chǎn)生融合蛋白，對機體的正常代謝產(chǎn)生影響，許多疾病與基因融合有關(guān)。
以上分析皆為標準分析，生因生物可根據(jù)具體項目、具體需求提供個性化分析。
