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相關(guān)文獻(xiàn)
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見(jiàn)問(wèn)題
高分辨率轉(zhuǎn)錄組圖譜揭示多個(gè)彎曲菌菌株特異性調(diào)控方式
研究背景
大鼠常作為化學(xué)毒性及藥物作用機(jī)理研究的模式生物，但我們對(duì)大鼠的各個(gè)器官、各個(gè)發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄信息還不太了解。本研究使用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)大鼠各器官各階段的320個(gè)樣本進(jìn)行測(cè)序分析。地黃是古代廣泛使用的一種中草藥，富含生物活性環(huán)烯醚萜。盡管具備巨大的藥用性，我們對(duì)這種植物合成環(huán)烯醚萜相關(guān)的分子知識(shí)一無(wú)所知。為了研究它的基因組，并且研究與環(huán)烯醚萜相關(guān)的基因，我們進(jìn)行了大規(guī)模的平行測(cè)序。當(dāng)前，彎曲菌是導(dǎo)致人類(lèi)細(xì)菌性胃腸炎的主要原因。多個(gè)菌株的比較發(fā)現(xiàn)其具有高度的遺傳和表型變異。但，我們對(duì)轉(zhuǎn)錄組層面、基因表達(dá)、small RNA的情況了解很少。本研究進(jìn)行了4個(gè)菌株的轉(zhuǎn)錄組比較分析。
研究方法
研究結(jié)果
1 2/+TEX 文庫(kù)reads基因組比對(duì)分布圖。
研究結(jié)論
基因高分辨率的轉(zhuǎn)錄圖譜分析在全基因組的尺度上揭示幾種彎曲菌調(diào)控要素及保守位點(diǎn)。本次分析改善了TSS注釋方法，并提出了菌株特異性TSS的概念及sRNA的情況。這些菌株特異性的轉(zhuǎn)錄特征讓我們看到了為什么基因組上高度保守，但菌株表型卻又很大差異。我們新的TSS注釋方法可以很容易的推廣到多種菌株或多個(gè)條件，也可能會(huì)同樣用于真核轉(zhuǎn)錄組的注釋。
參考文獻(xiàn)
High-Resolution Transcriptome Maps Reveal StrainSpecific Regulatory Features of Multiple Campylobacter jejuni Isolates. [PLoS Genetics, 2013]
