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相關(guān)文獻(xiàn)
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
單分子測序技術(shù)研究高粱轉(zhuǎn)錄本
研究背景
mRNA前體的可變剪切和可變多腺苷酸化極大的影響了轉(zhuǎn)錄本的多樣性，編碼能力，影響了基因組和基因的調(diào)控機(jī)制。二代測序廣泛用于轉(zhuǎn)錄組分析。然而短序列reads的主要缺點(diǎn)是不能準(zhǔn)確的預(yù)測全長可變剪切。本研究通過Pacific Biosciences單分子實(shí)時(shí)測序技術(shù)檢測了高粱轉(zhuǎn)錄本，并且開發(fā)了一個(gè)流程TAPIS（轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體分析流程）用來鑒定全長剪切異構(gòu)體和可變多腺苷酸化位點(diǎn)。
研究方法
研究結(jié)果
1 異構(gòu)體測序分析流程
2 a：可變剪切數(shù)量；b：基因產(chǎn)生異構(gòu)體的數(shù)量；c：一個(gè)基因產(chǎn)生13個(gè)新的剪切異構(gòu)體。
3 PCR驗(yàn)證lso-seq鑒定得到的剪切異構(gòu)體。
4 可變多腺苷酸分析。a：poly(A) 位點(diǎn)分布數(shù)量；b：3'UTR具有多腺苷酸化位點(diǎn)的轉(zhuǎn)錄本；c：PCR多腺苷酸化位點(diǎn)驗(yàn)證。
研究結(jié)論
我們的分析展示了轉(zhuǎn)錄組層面的全長異構(gòu)體，并得到了多達(dá)11000個(gè)新的剪切體。而且我們得到了11000個(gè)表達(dá)基因的可變多腺苷酸化位點(diǎn)和超過2100個(gè)新基因。這些結(jié)果極大的改善了高粱基因注釋并且對基因調(diào)控進(jìn)行了補(bǔ)充。轉(zhuǎn)錄本剪切體分析流程對于各種生物Iso-Seq數(shù)據(jù)分析是一個(gè)有用的工具。
參考文獻(xiàn)
A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. [Nature Communications, 2016]
