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相關(guān)文獻(xiàn)
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技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
SMRT DNA測序結(jié)合已報(bào)道的基因組草圖完成精確真菌基因組組裝
研究背景
二代測序技術(shù)極大的加快了基因組組裝的尺度、速度和分辨率，并促進(jìn)了基因組研究。然而真核基因組測序僅被組裝成基因組片段。本研究，我們以大麗輪枝菌為例評(píng)估各種測序和組裝策略在獲得完整真核基因組的效果。
研究方法
研究結(jié)果
1 Verticillium dahliae strain JR2組裝的各種基因組。
2 Verticillium dahliae strain JR2在不同的三代測序數(shù)據(jù)量下的組裝結(jié)果。
3 Verticillium dahliae strain JR2完整基因組組裝。A：完整基因組與已有基因組比較；B：染色體1末端rRNA基因聚類。
4 Verticillium dahliae strain VdLs17基因組組裝。
研究結(jié)論
相比于二代測序獲得的基因組，含三代測序混合組裝極大的增加了組裝長度。有趣的是，只要測序的深度足夠，僅靠三代測序相比于混合組裝就能獲得完整的染色體。而且，結(jié)合已有的基因組數(shù)據(jù)可以產(chǎn)生更少的gap，并且完成了大麗輪枝菌的八條染色體?，F(xiàn)在通過三代基因組的組裝，我們可以更好的理解生物復(fù)雜性。結(jié)果說明結(jié)合三代與已有的二代測序數(shù)據(jù)，可以用來產(chǎn)生完整的或很少gap的真菌基因組。
參考文獻(xiàn)
Single-Molecule Real-Time Sequencing Combined with Optical Mapping Yields Completely Finished Fungal Genome. [Mbio, 2014]
