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相關(guān)文獻(xiàn)
經(jīng)典案例
技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
基因組關(guān)聯(lián)分析快速鑒定與水稻特征基因
研究背景
全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）在鑒定農(nóng)作物農(nóng)事相關(guān)特征基因上是一個強(qiáng)有力的工具，但該技術(shù)常會受到種群的結(jié)構(gòu)及連鎖不平衡性影響。本研究我們使用全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定水稻農(nóng)事相關(guān)的基因，然后通過評估SNP的影響來獲得候選基因。
研究方法
研究結(jié)果
1 日本水稻的表型變異和遺傳結(jié)構(gòu)。a：植株高度；b：穗長度；c：槳葉寬度；d：176個水稻重點PCA分析。
2 GWAS鑒定1號染色體特征基因。a：曼哈頓圖；b：局部曼哈頓圖和熱圖；c：基因結(jié)構(gòu)；d：箱型圖；e：基因改造圖；f：基因改造植株抽穗天數(shù)。
3 WAS分析11號染色體植株高度和槳葉寬度并鑒定特征基因。a：高度曼哈頓圖；b：槳葉寬度曼哈頓圖；c：局部曼哈頓圖和熱圖；d：基因結(jié)構(gòu)圖；e：LOC_Os11g08410抽穗天數(shù)、植株高度、槳葉寬度箱型圖；f-h：單倍型差異分析。
4 GWAS分析6號染色體抽穗天數(shù)。
研究結(jié)論
使用這種方法，我們鑒定了4個與農(nóng)事相關(guān)的基因。有一些基因通過標(biāo)準(zhǔn)的SNP分析未能鑒定出來，但我們通過基因關(guān)聯(lián)分析可以鑒定出來。本研究對于使用GWAS快速鑒定農(nóng)事特征相關(guān)基因提供了一些基本的認(rèn)識，并會有利于未來農(nóng)作物的改良。
參考文獻(xiàn)
Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice. [Nature Genetics, 2016]
