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技術(shù)介紹 數(shù)據(jù)分析 經(jīng)典案例 常見問題
自閉癥全基因測序鑒定新的突變
研究背景
新的突變在自閉癥基因圖譜紊亂中是很重要的，但是目前的分析僅局限在1.5%左右的編碼基因上。本研究，我們對200個(gè)自閉癥的父母孩子進(jìn)行了全基因的測序，并鑒定了生殖突變和體細(xì)胞突變。
研究方法
研究結(jié)果
1 新突變序列分析。a：不同類型的突變轉(zhuǎn)換與顛換的比例；b：不同的新突變的堿基替換情況。
2 自閉癥新突變的來源。a：父母雙方來源的生殖突變和體細(xì)胞突變；b：父母來源突變會(huì)隨著父親年齡的增加而增加，而母親沒有顯著影響；c：個(gè)體內(nèi)與個(gè)體間突變的距離；d：拷貝數(shù)突變。
3 基因組范圍內(nèi)新突變的影響。a：有危害的新突變富集在編碼區(qū)與非編碼區(qū)域都；b：非編碼區(qū)域的新突變在DNase I激活區(qū)域顯著富集。c：GO富集。
研究結(jié)論
我們發(fā)現(xiàn)大部分新的突變來源于父親，隨著年齡的增加而增加。而，附近的新突變，多來源于母親，常伴隨著新的拷貝數(shù)的變異。相較于對照，發(fā)現(xiàn)一個(gè)顯著的富集，大約15.6%和22.5是非編碼的和遺傳非編碼的。非編碼的突變多富集的基因非編碼區(qū)域，外顯子跳躍的調(diào)控區(qū)域和DNaseI敏感區(qū)域。使用芯片或其他的檢測方式，我們也發(fā)現(xiàn)2/185自閉癥人群中存在異常的甲基化。我們的數(shù)據(jù)展示了不同的基因組范圍上的新突變，并提高了對自閉癥人編碼基因突變的認(rèn)識(shí)。
參考文獻(xiàn)
Genome-wide characteristics of de novo mutations in autism. [Npj Genomic Medicine, 2016]
